Die Schulleitung
Die Schulleitung trifft sich vierzehntäglich an den Schulleitungskonferenzen und organisiert die operativen Aufgaben. Die Schulleitung verfolgt einen kooperativen Führungsstil. Die Lehrerteams arbeiten aktiv an der Schulentwicklung mit. Auf diese Weise ist die Schule Villmergen eine „lernende Schule“ geworden, die sich sehr um Qualität bemüht. Sie ist im Schuljahr 2004/05 in das aargauische Schulprojekt QUES eingestiegen, welches eine bewusste und langfristige Arbeit an der Schulqualität zum Ziele hat.
Seit 1.1.2006 gehört auch die Musikschule zur „geleiteten Schule Villmergen“. Die Musikschulleiterin ist Mitglied der Schulleitung.

Geleitete Schule
Die Schulleitung, bestehend aus dem Schulleiter und den Schulhausleitungen der einzelnen Zentren, führt die Schule seit 2002 in wachsendem Umfang professionell in den Bereichen Organisation, Personalführung, Kommunikation und Schulentwicklung. Im Augenblick startet die Schulpflege ein Projekt zur Überprüfung des Schulleitungsmodells auf seine aktuelle Eignung und auf seine Zukunftsfähigkeit hin.

Im Jahr 2004 konnte das Leitbild in Kraft gesetzt werden. Damit gab sich die Schule langfristige Ziele, an welchen sie auch gemessen werden möchte. Mit dem Schulprogramm für die Jahre 2008 bis 2010 werden Themen und Entwicklungsschritte langfristig geplant. Das neue Schulprogramm basiert auf dem bereits erwähnten Qualitätsleitbild, welches die Schulpflege im Juni 2008 verabschiedet hat. Ziel ist es, eine Schule mit einem besonderen Profil zu gestalten, in der alle gesund leben, gut arbeiten und Erfolg haben können.